嘉南平原為缺水地區，水源水量供不敷需求，灌區水資源欠缺必須採輪作、輪灌及節水措施；在水源掌控上，需隨時依水源儲水情境、水文動態及各標的計畫用水量動態加以模擬演算，有效掌控水源動態及擬定用水策略；在灌溉執行上，以加強灌溉管理適時施行間歇灌溉等減供水因應措施處理之；田間配水操作上，則以精密輪灌計畫並雇用掌水工施行專人責任灌溉制度。

農業用水權益及區域調度應制度化

水源未達計畫水量7成，視水源動態及現地情形適當實施因應措施，包括減少灌溉水深、延長輪灌期距、減少施灌面積等。莫拉克風災過後，曾文水庫年運用水量減少約1億至1億5千萬噸，短期間恢復庫容不易，如何妥適強化水源維護管理尤顯重要。長期以來，嘉南地區公共給水、工業用水之確保供應，實應歸功於嘉南水利會在犧牲農民灌溉用水之最低情況下，適度調度以移用支援，得克服缺水，避免造成無謂損失。當發生水源不足或遇枯旱時，供水運用策略皆依賴調度農業用水之調度策略，但農業用水供應本身已呈缺水不足現象，有關確保農業用水權益及區域調度移用制度化尤為重要，否則將發生無水可移用之隱憂。

極端氣候影響灌溉用水之節水措施與營運

嘉南水利會除採取加強用水管理措施，並雇用掌水工負責田間用水分配，以維持輪流灌溉秩序，充分發揮機動調配功能，達到「適時、適量、依序灌溉」灌溉均霑效果，這是水利會慣常採用之節水措施，連晚上也要依配水時間施灌，較不會浪費水量，以最有效率的運用水資源來配水灌溉。全球氣候極端，人口增加壓力下，糧荒是潛在的陰影，以國家農業永續發展目標來看，活化農地計畫值得推動，但要提供充分誘因鼓勵農民安心來工作，保障現有權益，並擬定可長可久的耕作政策，吸引年輕人返鄉務農，才能永續經營臺灣的農業。水資源並非取之不盡、用之不竭，因此如何確保有限水資源極其重要，尤應自整體水資源循環體系觀點營運管理灌溉用水，兼顧生態環境保育使命。