我國金融監管機關為強化公司治理引進獨立董事制度，目前所有上市櫃公司依法須設有二人以上的獨立董事。此一制度施行以來，為公司引入不少專業人士加入經營，大幅提升了公司董事會的獨立性與專業性。不過，也有不少獨立董事就任後因理念不合或時間忙不過來等因素而中途辭任，此時雙方關係應如何處理，怎樣降低對公司之衝擊，可以從以下面向來注意。

　首先因為獨立董事與公司是委任關係，原則上獨立董事可以隨時向公司辭任，但民法規定，受任人如在不利於公司的時期辭任，可能對公司有損害賠償責任。何謂不利於公司的時期，曾有公司向辭任的董事提告請求損害賠償，因為該董事在公司財務狀況不佳且需與員工對話協商，以及處理其他清算善後措施時辭職。此外，獨立董事辭任後對於任期內所執行業務所生的法律責任還是要負責，所以獨立董事在辭任時應做好業務交接減少法律風險，並且檢視任內執行業務的內容，不是一走了之，就會與公司毫無瓜葛。

　至於對公司而言，獨立董事的辭任，屬於證交所所規定應辦理訊息公開的重大訊息，所以公司應在收到獨立董事的辭呈日起算的2天內發布獨立董事辭任的重大訊息。

　獨立董事辭任將直接影響董事會的運作，一旦公司的獨立董事少於二人或獨立董事席次已低於董事會席次的五分之一時，公司應在最近一次股東會加以補選。如果全體獨立董事都辭任，或因獨立董事與其他董事同時或先後辭任，以致董事缺額達三分之一時，則公司應在事實發生日起算的60天內進行改選，如果不改選，則公司可能被證交所處以違約金，甚至可能會變更交易方式。

　獨立董事職務辭任後對獨立董事的其他兼職也會產生影響。金融業及實收資本額達一百億元以上非金融業的上市櫃公司，依法必須強制設置審計委員會，審計委員會由全體獨立董事組成，且人數不得少於三人。如果獨立董事的辭任導致審計委員會人數少於三人時，公司應於最近一次股東會補選獨立董事來填補審計委員會的缺額。如獨立董事辭任後審計委員會至少還有兩名委員時，審計委員會仍可以運作，但如果審計委員會只剩下一名獨立董事而無法召開會議時，則需由董事會以全體董事三分之二以上的多數決，來議決原本法定應由審計委員會決議的事項。不過，就有關財報與半年度財報的事項，如仍有一名獨立董事留在公司，仍應得到該獨立董事之同意。當全體獨立董事均辭任時，公司應自董事辭任日起六十天內，召開股東臨時會補選獨立董事，並組成新的審計委員會。

　最後，如果獨立董事兼任薪酬委員，由於法令規定薪酬委員會人數不得少於三人且至少要有一名獨立董事，該獨立董事辭任導致薪酬委員會缺少獨立董事或人數不足時，董事會應於該獨立董事辭任起三個月內選任其他董事補足缺額，惟須注意，若薪酬委員會因該獨立董事的辭任而缺少獨立董事，則補選的對象亦限於獨立董事。

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